1944–1988

Seurakunta aikoi aluksi jälleenrakentaa kirkon entisessä muodossa ja mitoissa. Työ aloitettiin vuonna 1952, vuonna 1959 ryhdyttiin rakentamaan kattoholveja ja vesikaton alusrakenteita. Katon työpiirustukset laati insinööri Hugo Oengo, joka toimi myös rakennusvalvojana.

Rappaus- ja maalaustöihin päästiin käsiksi vuonna 1960. Elokuussa 1960 päätettiin tilata arkkitehti Arnold Matteukselta lehtereiden työpiirustukset. Viikkoa myöhemmin palotarkastaja kehotti paloturvallisuussyistä luopumaan sivulehtereistä.

Syyskuussa 1960 päätettiinkin rakentaa ensi sijassa urkuparvi, myöhemmin myös muut lehterit. Kuvanveistäjä Anton Starkopf piti vuonna 1962 aiheellisena korjata veistos, korvata tietyt osat Saarenmaan marmorilla, kiinnittää ne pulteilla ja veistää uudelleen. 

Noita suunnitelmia ei ollut neuvosto-olosuhteissa mahdollista toteuttaa. Ideologisen painostuksen, ateistisen kampanjan ja vaihtoehtoisten toimintojen tarjonnan takia kirkkokansan määrä laski 1960-luvun loppuun mennessä huomattavasti koko Virossa.

Sivurakennus konfiskoitiin kirkolta 1962, ja elokuussa 1966 seurakunnan oli muutettava sieltä pois ja tehtävä tilaa urheilumuseolle. Sivulehtereitä varten asennetut palkit poistettiin heinäkuussa 1966, koska lehtereitä ei enää tarvittu.

Puoli kirkkosalia vihittiin 3 p:nä heinäkuuta v. 1966 – matala väliseinä erotti salin etuosan poikkilaivasta, koska siellä tehtiin vielä joitakin sisätöitä. Kesällä 1967 seurakunnan oli luovutettava kirkon takaosa, jota ei ollut vielä ehditty edes käyttää, silloisen etnografisen museon (nykyisen Viron kansallismuseon) kokoelmavarastoksi.

Salissa oli nyt entisten 1500 istumapaikan sijasta noin 350 istumapaikkaa. Aluksi käytettiin alttaritauluna tuntemattoman tekijän maalausta Jeesus ristillä. Todennäköisesti jouluksi 1971 valmistui opettaja Riho Lahin piirustusten mukaan alttarin valoristi.

Sivurakennuksen mukautti urheilumuseon tarpeisiin arkkitehti Raul-Levroit Kivi, joka teki projektin vuosina 1974-1976. Hän otti uuden työn perustaksi Saarisen alkuperäiset piirustukset, eikä vuoden 1931 muunnelmaa. Siinä hengessä hän yhdisti arkkitehti Kivin tornin, päärakennuksen ja sivurakennuksen katot yhtenäiseksi kokonaisuudeksi. Saarista mukaillen hän jätti pois ikkunat kolmannesta (mansardi)kerroksesta ja suunnitteli sinne varastotilat.