1988 – nykypäivä

Tämän päivän uusittua ilmettä edeltäneen sisustussuunnittelun sai kirkkosali jouluksi 1997. Sen laati arkkitehti Ilmar Kannelmäe. Salin seinät maalattiin (osin) vaaleansinisiksi, ja saivat sodanedellisen esimerkkiä seuraten koristekaistan sekä tekstin Tulkaa minun luokseni, kaikki te työn ja kuormien uuvuttamat. Minä annan teille levon.

Lasimaalausristin suunnitteli Eeva-Aet Jänes. Uusi alttari ja alttarikaide valmistettiin sotaaedeltävän mallin ja Erik Pärnan piirustusten mukaan. Andreas Sester uudisti saarnastuolin ja lisäsi siihen pieniä yksityiskohtia.

Viron kansallismuseo suoritti omalta osalta uudelleenrakennustöitä vuosina 1987-1988, siltä ajalta ovat peräisin myös varaston metallihyllyt. Museo rakennutti kesällä 1998 vuokran korvauksesi kirkkosalin kohdalle uuden kivikaton, joka erosi kuitenkin alkuperäisestä vesikatteesta.

Kirkon torni sai 10. syyskuuta 1999 torninkatteen, jonka kuparipelti on oksidoitumisesta johtuvan patinoitumisen välttämiseksi lakattu. Syksyllä 2000 kirkon edusta kivettiin. Vuonna 2001 urheilumuseo luovutti kirkon sivurakennuksen, ja se korjattiin osittain.

Seurakunta on antanut 28. kesäkuuta 2002 lähtien yhteistyössä Tarton kaupungin sosiaalitoimen kanssa välttämätöntä sosiaaliapua henkilöille, joilla ei ole minkäänlaisia tuloja. Sosiaaliavun jakamista varten on korjattu tilat kellarikerrokseen.

21. syyskuuta 2005 seurakunnalle luovutettiin Viron kansallismuseon käytössä ollut kirkon osa. Tarton Paavalin kirkko kuului vihdoinkin kokonaan seurakunnalle. Kirkon restaurointihanke käynnistettiin heti.

Vuosina 2005–2015 Paavalin kirkko on uusittu täysin. Kirkon kellaritilat – krypta, kolumbaario aputilat – on rakennettu valmiiksi. Sivurakennus on uusittu ja täysin myös kirkkosali.

Tarton Paavalin kirkon vihitään uudelleen ja juhlalliset avajaiset pidetään 12. syyskuuta 2015. Tapahtumassa esitetään Rudolf Tobiasin oratorio Joonan lähettäminen.